康复训练软件生产许可证的办理流程如下：

了解相关规定：首先需要了解所在国家或地区对于康复训练软件生产许可证的相关规定和要求。

准备申请资料：根据相关规定，准备申请资料，包括企业营业执照、生产设备清单、工艺流程图、质量管理体系文件等。

提交申请：将申请资料提交给相关的生产许可证颁发机构进行审核。

现场检查：生产许可证颁发机构会对申请企业的生产现场进行检查，包括生产设备、工艺流程、质量管理体系等方面。

审核与批准：生产许可证颁发机构会对申请资料和现场检查结果进行审核，如果审核通过，会颁发相应的生产许可证，允许企业生产康复训练软件。

后续监管与更新：企业需要接受生产许可证颁发机构的监管，并定期更新和维护生产许可证。如果企业进行了重大更新或修改，需要重新提交申请，经过审核后才能重新获得生产许可证。