牙科综合治疗机生产许可证的办理流程如下：

准备申请资料：需要准备企业的基本资料、生产场所和设备的现场检查报告、产品质量检测报告等相关资料。

提交申请：将申请资料提交给当地药监部门。

现场检查：药监部门会对企业的生产场所和设备进行现场检查，确保企业的生产条件和质量管理体系符合国家相关法规和标准。

产品抽样检测：药监部门会对企业的产品进行抽样检测，确保产品的质量和安全性符合国家相关法规和标准。

审核批准：药监部门会对企业的申请资料和现场检查结果进行审核，如果审核通过，则会颁发生产许可证。