全自动化学发光免疫分析仪的出口认证办理流程如下：

确定产品分类：首先，确定全自动化学发光免疫分析仪的分类，以确定适用的认证路径和要求。加拿大的医疗器械分类和要求通常遵循相关的法规和标准。

准备申请资料：根据出口目的国家或地区的法规要求，准备完整的申请资料，包括产品技术要求、质量管理体系文件、生产和质量控制过程的相关文件、临床试验报告等。

提交申请：将申请资料提交给当地药品监督管理部门进行审查。

技术评审：管理部门将对申请资料进行技术评审，包括产品的安全性、有效性、质量可控性等方面的评估。

现场核查：管理部门将对生产现场进行现场核查，核实生产条件、设施设备、质量控制体系等是否符合要求。

审批与发证：如果通过技术评审和现场核查，管理部门将颁发全自动化学发光免疫分析仪的出口证书。