肠道病毒通用型、EV-71及CA-16核酸检测试剂盒的出口认证办理涉及多个环节和步骤，这些步骤主要依据目标市场的法规要求进行。以下是一个概括性的办理流程和注意事项：

了解目标市场法规：

深入研究并理解目标市场关于医疗器械和体外诊断试剂（IVD）的进口法规、注册要求、认证标准等。

注意不同国家对医疗器械的分类和监管要求可能有所不同，如美国FDA、欧盟CE、日本PMDA等。

准备技术文件：

根据目标市场的法规要求，准备详细的产品技术文件，包括产品说明书、性能参数、检测方法、临床试验数据（如适用）等。

技术文件需要翻译成目标市场的官方语言，并符合当地的格式要求。

根据目标市场的法规要求，选择合适的认证机构进行产品认证。例如，欧盟市场通常需要CE认证，美国市场可能需要FDA认证。

准备申请材料：

包括但不限于产品技术报告、生产工艺流程图、质量标准和控制文件、临床试验报告（如适用）、产品说明书和标签等。

根据认证机构的具体要求，准备相应的申请表格和费用。

提交申请：

将准备好的技术文件和其他必要的申请材料提交给认证机构或目标市场的医疗器械监管机构。

填写并提交相应的申请表格，支付申请费用。

文件审核：

认证机构或监管机构将对提交的申请材料进行审核和评估，包括技术指标的符合性、安全性、有效性等方面。

现场审核（如适用）：

根据需要，认证机构可能对企业的生产现场进行现场检查，以核实生产条件、质量管理体系等是否符合要求。

如果审核通过，认证机构或监管机构将颁发相应的认证或注册证书，允许肠道病毒通用型、EV-71及CA-16核酸检测试剂盒在目标市场销售和使用。

准备出口报关文件：

根据中国海关的要求，准备出口报关所需的文件，如出口合同、发票、装箱单、检验检疫证书等。

如果产品属于特殊物品，还需要办理特殊物品出口审批手续。

选择物流方式：

根据产品特性和目标市场的要求，选择合适的物流方式，如空运、海运或陆运。

确保物流过程中产品的质量和安全，遵守相关的运输规定。

出口报关：

将准备好的报关文件提交给海关，进行出口报关手续。