柯萨奇病毒A16型/肠道病毒71型核酸检测试剂盒（以下简称“试剂盒”）的注册证办理是一个涉及多个步骤和严格审查的过程。以下是根据一般流程和相关参考信息整理的办理要点：

了解法规与标准：

深入研究目标市场（如中国）关于体外诊断试剂（IVD）的注册法规和标准，特别是针对柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型核酸检测试剂盒的具体要求。在中国，主要遵循《医疗器械监督管理条例》、《体外诊断试剂注册与备案管理办法》等法规。

确定产品技术规格和性能：

明确试剂盒的技术规格、性能特点、预期用途等信息，并准备相应的技术文档。这些文档应包括产品描述、原理、组成、性能指标（如检测灵敏度、特异性、准确度等）、生产工艺流程图、质量控制标准等。

准备申请材料：

根据法规要求，准备完整的申请材料。这通常包括产品注册申请表、符合性声明、自查报告、技术文档（如产品说明书、生产工艺流程图、质量标准和控制文件等）、临床试验数据（如适用）等。

选择一个具备相应资质和经验的认证机构进行产品认证。在中国，通常由国家药品监督管理局（NMPA）或其授权的检验机构负责体外诊断试剂的注册检验和审评工作。

将准备好的申请材料提交给认证机构。在提交申请时，请确保所有材料齐全、准确，并符合相关法规的要求。

技术评审：

认证机构将对申请材料进行技术评审，评估产品的安全性、有效性及合规性。这包括对产品技术文档的详细审核，以及对临床试验数据的评估（如适用）。

现场检查：

根据需要，认证机构可能会进行现场检查，以核实企业的生产条件、质量管理体系等是否符合要求。现场检查通常包括对企业生产现场、实验室、仓库等的实地考察和评估。

如果产品通过技术评审和现场检查，并符合相关法规和标准的要求，认证机构将颁发注册证或认证证书。这标志着试剂盒可以在目标市场上合法销售和使用。

获得注册证后，企业需要遵守相关法规和标准的要求，并接受监管机构的持续监督。这包括定期报告、不良事件报告等。同时，企业还需要确保产品的质量和安全性始终符合法规要求。