分枝杆菌菌种鉴定基因检测试剂盒的IVDD（体外诊断试剂指令）办理是一个复杂且严格的过程，涉及多个关键步骤和详细要求。以下是根据当前信息和行业实践归纳的办理流程：

了解IVDD要求：

深入研究目标市场（如欧盟）的IVDD指令或等效法规，理解其对体外诊断试剂的具体要求，特别注意对产品性能、安全性、有效性、质量控制等方面的规定。

确定产品信息：

明确产品的名称、规格型号、预期用途、适用范围、生产者信息等，确保所有信息准确无误。

技术文件：

编制详细的产品技术要求，包括产品的性能指标、检验方法、稳定性研究等。

准备注册检验报告，由具有资质的检验机构出具，证明产品符合相关法规和标准。

如果适用，准备临床试验报告，验证产品的性能、安全性和有效性。

提供生产质量管理体系文件，确保产品生产过程的质量控制。

其他必要文件：

企业法人营业执照、组织机构代码证等资质证明。

产品说明、技术规格、生产工艺流程图等质量控制文件。

在目标市场选择一家合适的认证机构，该机构应具备对体外诊断试剂进行认证和注册的资质。

与认证机构建立联系，了解具体的认证流程和要求。

将准备好的注册资料提交给选定的认证机构。

根据认证机构的要求，支付相应的申请费用。

认证机构将对提交的注册资料进行详细的技术审查，包括对产品性能、安全性、有效性等方面的评估。

如有需要，认证机构可能进行现场检查，核实生产条件、质量管理体系和生产能力等方面的符合性。

如果产品通过认证机构的审查和评估，将获得CE认证（对于欧盟市场）或其他等效认证，这意味着产品符合IVDD指令或等效法规的要求，可以在目标市场上合法销售和使用。

在获得认证后，企业需要继续遵循相关法规和标准的要求，确保产品的质量和安全。

认证机构可能进行定期或不定期的监督检查，以确保企业持续符合认证要求。