肠道病毒通用型、柯萨奇病毒A16型（CA16）、肠道病毒71型（EV71）核酸检测试剂盒的出口认证办理是一个复杂且关键的过程，以下是详细的办理流程和注意事项：

首先，需要深入研究目标市场（如欧盟、美国、日本等）的医疗器械和体外诊断试剂（IVD）的进口法规、注册要求、认证标准等。这些法规通常包括产品的注册要求、技术文件要求、质量管理体系要求、临床试验要求等。由于不同国家的法规存在差异，因此需要特别关注目标市场的具体要求，例如：

欧盟市场需要遵循IVDR（In Vitro Diagnostic Regulation）的规定。

美国市场则需要符合FDA的相关要求。

根据目标市场的法规要求，准备肠道病毒通用型、柯萨奇病毒A16型、肠道病毒71型核酸检测试剂盒的技术文件。这些文件通常包括：

产品描述：详细描述产品的原理、设计、预期用途、结构组成等。

性能评估：提供产品的性能指标，如准确度、灵敏度、特异性等，并附上相关的验证数据。这些数据可能来源于内部测试或第三方验证机构。

质量控制：说明产品的质量控制措施，包括原材料控制、生产过程控制、成品检验等。需要提供详细的质量控制流程和记录。

临床数据：如果目标市场要求提供临床数据，则需要准备相关的临床试验报告和数据分析。这些数据应证明产品的安全性和有效性。

标签和使用说明书：提供产品的标签和使用说明书，确保它们符合目标市场的语言和格式要求。

根据目标市场的规定，选择一家具备相应资质和经验的认证机构进行产品认证。这个机构应该能够对你的产品进行评估和审核。在选择认证机构时，可以参考行业内的推荐或排名，以及机构的历史记录和信誉度。例如：

欧盟市场可以选择符合要求的NB机构（Notified Body）。

美国市场则需要选择FDA认可的认证机构。

将准备好的技术文件和其他必要的申请材料（如企业资质证明、质量管理体系文件等）提交给认证机构或目标市场的医疗器械监管机构。填写并提交相应的申请表格，支付申请费用。认证机构或监管机构将对提交的申请材料进行审核和评估，包括技术指标的符合性、安全性、有效性等方面。

根据需要，认证机构可能对企业的生产现场进行现场检查，以核实生产条件、质量管理体系等是否符合要求。如果产品需要进行现场检查或样品测试，认证机构将提前通知并提供详细的指导。

在审核过程中，如果发现任何问题或需要补充材料，认证机构将及时与申请人沟通并要求其进行整改或补充。

如果产品符合目标市场的法规要求和技术标准，认证机构将颁发相应的认证证书（如CE证书、FDA认证等），允许肠道病毒通用型、柯萨奇病毒A16型、肠道病毒71型核酸检测试剂盒在目标市场销售和使用。

获得认证后，企业需要持续遵守相关法规和标准要求，并接受监管机构的持续监管和检查。根据法规要求，定期提交产品更新报告、接受监督检查等。

提交的所有文件和信息应真实、准确、完整，避免虚假信息导致认证失败或法律纠纷。

在办理过程中，与认证机构保持及