聚醚醚酮骨锚钉系统注册证办理的流程如下：

准备申请资料：包括产品技术要求、研制报告、临床试验报告、生产工艺流程图、产品生产质量标准及检验报告等。

选择审核机构：根据产品类别选择相应的医疗器械注册机构。

提交申请材料：将申请材料提交给审核机构，并缴纳相关费用。

审核和审批：审核机构对申请材料进行审查和评估，包括产品安全性、有效性、质量可控性等方面的评估。如果审核通过，审核机构会颁发医疗器械注册证。

在办理过程中，需要注意以下几点：

确保提供的产品资料和技术文件真实、完整、准确。

严格按照审核机构的要求编写申请报告，确保申请材料的合规性。

及时沟通并配合审核机构的要求，提供所需的补充材料。

缴纳费用时注意核实收据和发票的准确性。

在办理过程中及时跟踪审核进展，保持与审核机构的良好沟通。