物计算软件的生产许可证办理流程与一般软件的生产许可证办理流程类似。具体流程可能包括以下步骤：

申请：首先，需要向相关的许可证颁发机构提出申请，提交必要的申请材料，如公司的基本信息、软件的技术规格、测试报告等。

审核：提交申请后，许可证颁发机构会对申请材料进行审核。他们会评估药物计算软件的功能、性能、安全性等方面，以确定是否满足生产许可证的要求。

现场检查：如果需要，许可证颁发机构可能会进行现场检查，以验证药物计算软件的生产环境和质量控制措施。

批准和发证：如果药物计算软件通过了审核和现场检查，许可证颁发机构会颁发生产许可证，允许企业开始生产药物计算软件。