药物计算软件的注册证办理流程如下：

提交注册申请：首先，您需要向国家药品监督管理部门提交药物计算软件的注册申请。申请需要包含产品的基本信息、技术参数、安全性评估报告、生产工艺流程图等必要资料。

受理和审查：国家药品监督管理部门将对您的注册申请进行受理和审查。审查过程中，会对产品的安全性、有效性、质量可控性等方面进行评估。

临床试验和现场检查：如果需要，您可能需要按照法规要求进行临床试验，并接受国家药品监督管理部门的现场检查。这些步骤旨在验证产品的安全性和有效性。

批准和制证：如果您的药物计算软件通过了审查和临床试验/现场检查，国家药品监督管理部门将颁发医疗器械注册证，允许产品上市销售。