手术计划软件的注册证办理流程如下：

确定软件类型：根据软件的功能和用途，确定软件所属的类型，例如是否属于医疗器械或软件产品。

了解相关法规和标准：了解所在国家或地区的相关法规和标准，以确保软件符合要求。

准备申请资料：根据相关法规和标准，准备申请资料，包括软件的技术文档、功能说明、测试报告等。

选择注册机构：选择相应的注册机构进行申请，例如医疗器械注册机构或软件产品注册机构。

提交申请：将完整的申请资料提交给注册机构进行审查。

审查与批准：注册机构会对申请资料进行技术审查和评估，以确保软件符合相关法规和标准。如果审查通过，将颁发相应的注册证书。

保持注册证书的有效性：在注册证书有效期内，应确保软件持续符合相关法规和标准的要求，并进行必要的更新和改进。同时，应定期提交年度报告或更新资料，以保持注册证书的有效性。