医用轻离子治疗系统的生产许可证办理流程如下：

准备申请资料：包括医用轻离子治疗系统的技术文档、生产流程图、质量管理体系文件等。

填写申请表格：向所在国家或地区的医疗器械监管部门提交生产许可证申请表格，并附上相关证明文件。

提交申请：将完整的申请资料提交给监管部门进行审查。

审核与现场检查：监管部门会对申请资料进行审核，并可能进行现场检查，以评估企业的生产能力、质量管理体系以及产品安全性。

获得生产许可证：如果审核和现场检查通过，监管部门会颁发医用轻离子治疗系统的生产许可证，允许企业开始生产。

保持生产许可证的有效性：企业应确保持续符合相关法规要求，并按时进行产品更新和改进，以保持生产许可证的有效性。