医学影像存储与传输系统软件的注册证办理需要按照相关规定进行。一般来说，需要按照以下步骤进行：

准备申请资料：根据相关规定，准备申请资料，包括软件的技术规格、功能描述、用户手册、安全性和可靠性报告等。

提交申请：将申请资料提交给相关的注册机构进行审核。

审核与批准：注册机构会对申请资料进行审核，包括对软件的功能、安全性、可靠性等方面进行评估。如果审核通过，会颁发相应的注册证书，允许软件上市销售。

后续监管与更新：企业需要定期更新和维护注册证书，并接受注册机构的监管。如果软件进行了重大更新或修改，需要重新提交申请，经过审核后才能重新获得注册证书。