医用X射线治疗设备注册证办理的具体流程如下：

了解相关法规和标准：首先需要了解医用X射线治疗设备相关的法规和标准，包括国家药品监管局、国家卫生健康委员会等部门发布的相关法规和标准。

准备申请资料：根据相关法规和标准的要求，准备完整的申请资料，包括产品技术要求、产品说明书、质量管理体系文件、生产工艺流程图等相关文件。确保资料完整、准确、清晰，并符合相关要求。

提交申请：将完整的申请资料提交给医疗器械注册管理部门进行审查。申请可以通过网上申报或窗口递交的方式进行。

审查与批准：管理部门将对申请资料进行审查，并进行现场核查，确保产品符合相关法规和标准的要求。如果审查通过，管理部门将颁发医疗器械注册证。

质量管理体系认证：在获得注册证后，企业还需要根据相关法规和标准的要求，建立并运行质量管理体系，并通过相应的认证机构进行质量管理体系认证。