医用X射线治疗设备生产许可证的办理流程如下：

提交申请：向所在地省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门提交申请，并提交相关资料，如营业执照、组织机构代码证复印件、产品技术要求、质量管理体系文件等。

审查：申请提交后，相关部门会对申请资料进行审查，包括资料的真实性、完整性和准确性等。

现场核查：如果申请资料通过了初步审查，相关部门会进行现场核查，核查企业的生产条件、设施设备和质量管理体系等是否符合相关要求。

批准：如果现场核查也通过，相关部门会进行最终审批，并决定是否颁发生产许可证。

持证生产：企业获得生产许可证后，可以开始生产医用X射线治疗设备。