微量元素分析仪器的生产许可证办理流程如下：

准备申请材料：根据相关法规和标准，准备完整的申请材料，包括企业资质证明、生产条件和设施设备证明、质量管理体系证明等。

提交申请：将申请材料提交给所在地省级药品监督管理部门或相关部门。

审查：相关部门将对申请材料进行审查，核实企业的生产条件、设施设备和质量管理体系等是否符合要求。

现场核查：如果申请材料通过初步审查，相关部门将进行现场核查，核实企业的实际生产情况和条件是否与申请材料相符。

批准与颁证：如果现场核查也通过，相关部门将进行最终审批，并决定是否颁发生产许可证。如果获得批准，企业将获得生产许可证，可以开始生产微量元素分析仪器。