质谱检测系统的出口认证办理主要涉及到以下几个步骤：

了解目标市场的认证要求：首先需要了解目标市场所在国家或地区的认证要求，例如是否需要CE认证、FDA认证或者其他特定的认证。了解这些要求是准备认证的基础。

准备相关资料：根据目标市场的认证要求，准备相应的申请资料，包括产品说明书、技术规格、性能参数、检测报告等。确保这些资料完整、准确并且符合要求。

提交申请：将准备好的申请资料提交给相应的认证机构进行审核。这通常可以通过在线提交或者邮寄纸质申请文件完成。

现场审核与测试：认证机构可能会进行现场审核和测试，以验证产品的性能和合规性。确保准备好接受审核和测试，并且保证产品的稳定性和可靠性。

获得出口认证证书：如果产品通过了审核和测试，认证机构将颁发出口认证证书，允许产品在目标市场上销售和使用。