质谱检测系统的注册证办理流程如下：

了解相关法律法规：在开始办理注册证之前，需要了解所在国家或地区对于质谱检测系统的法律法规和标准要求。这样可以确保您的设备符合要求，并能够顺利获得注册证。

准备注册申请材料：根据相关法律法规的要求，准备注册申请材料。这些材料可能包括设备的说明书、技术规格、检测报告、生产工艺等。

提交注册申请：将准备好的注册申请材料提交给所在国家或地区的医疗器械监管机构。

审核与现场检查：监管机构对提交的注册申请材料进行审核，并可能进行现场检查，以确保设备的生产、质量等方面的合规性。

获得注册证：如果您的设备通过了审核和现场检查，监管机构将颁发注册证，允许您的设备在市场上销售和使用。