质谱检测系统的生产许可证办理流程如下：

了解相关法律法规：在开始办理生产许可证之前，需要了解所在国家或地区对于质谱检测系统的法律法规和标准要求。这样可以确保您的设备符合要求，并能够顺利获得生产许可证。

准备申请资料：根据相关法律法规的要求，准备申请资料。这些资料可能包括设备的生产工艺流程图、质量管理体系文件、安全生产管理制度等。

提交申请：将准备好的申请资料提交给所在国家或地区的医疗器械监管机构。

现场核查：监管机构将对生产场所、生产设施、质量管理体系等进行现场核查，以确保符合相关标准和要求。

获得生产许可证：如果现场核查通过，监管机构将颁发生产许可证，允许您开始生产和销售质谱检测系统。