全自动糖化血红蛋白分析仪注册证办理流程如下：

准备相关文件：准备相关的文件，包括产品说明书、技术规格、质量管理体系文件等。这些文件将作为注册申请的一部分。

确定注册类别：根据产品的分类和风险等级，确定适用的FDA注册类别，如510(k)预先市场通知、PMA（前期许可申请）等。

提交注册申请：根据所选的注册类别，将完整的注册申请提交给FDA。申请可以在线完成，或者通过邮寄提交给FDA的相关部门。

审核和评估：FDA将对您的注册申请进行审核和评估。这可能包括对文件的审查、实验室测试和临床试验数据分析。

审批和认证：如果您的注册申请获得FDA的批准，FDA将发放许可证，确认您的糖化血红蛋白分析仪符合FDA的要求，可以在美国市场上销售和使用。