电子阴道镜数字成像系统的注册证办理流程如下：

申请资料准备：准备所有必要的申请资料，包括产品技术文档、质量管理体系文件、性能测试报告等。确保资料完整、准确并符合相关法规要求。

提交申请：向当地的医疗器械监管机构提交注册申请，并支付相应的注册费用。

审查与评估：监管机构将对提交的资料进行详细审查和评估，包括对产品的安全性、有效性、质量可控性等方面的评估。

现场检查：监管机构可能还会对生产设施、质量管理体系等方面进行现场检查，以确保企业符合相关法规要求。

颁发注册证：如果电子阴道镜数字成像系统通过了审查、评估和现场检查，监管机构将颁发注册证，允许该产品在市场上销售。

后续监管与维护：持证者应接受监管机构的定期监督检查，确保持续符合法规要求。同时，持证者应保持与监管机构的沟通，及时了解法规变化并采取相应措施。