定制式正畸矫治器生产许可证的办理流程如下：

申请和受理：企业生产列入目录的产品，向其所在地省级质量技术监督局提出申请，并提交《全国工业产品生产许可证申请书》、营业执照复印件、生产许可证证书复印件等申请材料。省级质量技术监督局收到申请后，对申请材料符合实施细则要求的，准予受理，并自收到企业申请之日起5日内向企业发送《行政许可申请受理决定书》。

审查及检验：省级质量技术监督部门或国家产品审查部将在2个月内对申请企业进行现场审查。审查包括对生产条件、质量保证体系、产品性能等方面的审查。同时，企业需提供产品质量检验报告。
3.
发放生产许可证：如果企业的生产和质量保证体系符合要求，省级质量技术监督局将向企业发放《全国工业产品生产许可证》，准许企业生产该产品。