肠道病毒通用型核酸测定试剂盒注册证的办理是一个涉及多个环节和严格要求的流程。以下是根据国家药品监督管理局（NMPA）等相关机构的要求，整理的详细办理步骤：

深入研究法规：制造商需要深入研究国家和地方（如中国）关于医疗器械注册的相关法规和标准，特别是针对体外诊断试剂的注册要求。

关注最新指南：特别注意NMPA发布的最新指南和规定，确保注册过程符合最新的法规要求。

明确产品名称：确定肠道病毒通用型核酸测定试剂盒的产品名称、规格、型号、使用范围等基本信息。

编制技术文档：编制详细的技术文档，包括产品技术报告、生产工艺流程图、质量标准和控制文件、临床试验报告（如适用）、产品说明书和标签等。

整理申请材料：将准备好的申请材料按照NMPA的要求进行整理，包括企业资质证明、产品技术文档、质量管理体系文件等。

缴纳申请费用：在提交申请时，可能需要支付相应的申请费用。

选择注册机构：通常情况下，肠道病毒通用型核酸测定试剂盒的注册申请需要提交给NMPA或其授权的省级药品监管部门。

提交申请材料：将整理好的申请材料提交给相应的注册机构。

技术审查：注册机构将对提交的申请材料进行技术审查，评估产品的技术指标、安全性、有效性等方面是否符合相关法规和标准。

现场核查：注册机构可能会对企业的生产现场进行核查，以确保生产条件和质量控制符合要求。核查内容可能包括生产设备、工艺流程、质量管理体系等方面。

审批决定：根据技术审查和现场核查的结果，注册机构将做出审批决定。决定可能包括是否批准注册、注册产品的使用范围等。

领取注册证：如果审批通过，企业需按照NMPA的要求领取医疗器械注册证。注册证通常包括产品名称、型号、注册编号、有效期、注册机构名称等信息。

定期更新：企业需定期更新和维护注册证的有效性，包括提交产品更新报告、接受监督检查等。

合规运营：获得注册证后，企业应在市场上合法销售和使用肠道病毒通用型核酸测定试剂盒，并遵守相关法规和标准的要求。

保持沟通：在整个注册过程中，企业应保持与注册机构的沟通，及时了解审核进度和可能需要的补充材料。

寻求支持：由于注册过程涉及复杂的法规和标准要求，企业可能需要寻求专业的医疗器械咨询机构或律师的支持。