肠道病毒通用型、肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CA16）核酸检测试剂盒注册证的办理是一个涉及多个环节和严格审查的过程。以下是根据一般流程和相关法规整理的办理要点：

法规与标准研究：

深入研究目标市场（如中国）关于体外诊断试剂（IVD）的注册法规和标准，特别是针对肠道病毒通用型、EV71和CA16核酸检测试剂盒的具体要求。

在中国，主要遵循《医疗器械监督管理条例》、《体外诊断试剂注册与备案管理办法》等法规。

产品定义与文档准备：

明确试剂盒的技术规格、性能特点、预期用途等信息。

准备相应的技术文档，包括产品描述、原理、组成、性能指标（如检测灵敏度、特异性、准确度等）、生产工艺流程图、质量控制标准等。

产品注册申请表：填写详细的注册申请表格，包括产品信息、制造商信息、技术资料等。

符合性声明与自查报告：提交符合相关法规和标准的声明及自查报告。

技术文档：

产品说明书：详细描述产品的使用、储存、运输等信息。

生产工艺流程图：展示产品的生产过程及质量控制点。

质量标准和控制文件：确保产品质量的文件。

临床试验数据：如适用，提交临床试验数据以评估产品的安全性和有效性。

选择认证机构：根据目标市场的法规要求，选择合适的认证机构或监管机构进行申请。在中国，通常由国家药品监督管理局（NMPA）或其授权的检验机构负责体外诊断试剂的注册检验和审评工作。

提交申请材料：将准备好的所有申请材料提交给认证机构，并缴纳相应的申请费用。

技术评审：认证机构将对提交的材料进行技术评审，包括对产品技术文档的详细审核，以及对临床试验数据的评估（如适用）。

现场检查：根据需要，认证机构可能会进行现场检查，以核实企业的生产条件、质量管理体系等是否符合要求。现场检查通常包括对企业生产现场、实验室、仓库等的实地考察和评估。

审批决定：根据技术评审和现场检查的结果，认证机构将做出审批决定。决定可能包括是否批准注册、注册产品的使用范围等。

领取注册证：如果审批通过，企业需按照NMPA的要求领取医疗器械注册证。注册证通常包括产品名称、型号、注册编号、有效期、注册机构名称等信息。