肠道病毒通用型、柯萨奇病毒A16型（CA16）、肠道病毒71型（EV71）核酸检测试剂盒注册证的办理是一个涉及多个环节和法规要求的过程。以下是根据一般流程和相关知识整理的办理要点：

深入研究国家和地方（如中国）关于医疗器械注册的法规和标准，特别是针对体外诊断试剂（IVD）的注册要求。

特别注意国家药品监督管理局（NMPA）发布的最新指南和规定。

基本申请材料：

《医疗器械注册申请表》

营业执照副本复印件

法定代表人、企业负责人身份证明复印件

生产、质量和技术部门负责人的身份证明、学历、职称证明复印件

产品相关材料：

产品技术报告，包括设计原理、生产工艺、性能指标等

生产工艺流程图和质量标准及控制文件

临床试验报告（如适用）

产品说明书和标签

试剂盒的组成成分及结构说明

预期用途和适用范围，包括样本类型（如咽拭子）和检测目的

生产场地和设备材料：

生产场地的相关文件，如房产证或租赁合同、场地平面图、功能区划分等

主要生产设备和检验设备的清单及合格证明

质量管理体系文件：

如质量手册、程序文件等，以证明企业具备完善的质量管理体系。

根据目标市场（如中国市场）的法规要求，选择合适的注册机构进行申请。在中国，通常向国家药品监督管理局（NMPA）或其下属机构提交申请。

将准备好的申请材料按照NMPA的要求进行整理，并提交给相应的注册机构。同时缴纳可能需要的申请费用。

注册机构将对提交的申请材料进行技术审查，评估产品的技术指标、安全性、有效性等方面是否符合相关法规和标准。

注册机构可能会对企业的生产现场进行核查，以确保生产条件和质量控制符合要求。核查内容可能包括生产设备、工艺流程、质量管理体系等方面。

如果产品通过技术评审和现场检查（如需要），注册机构将颁发医疗器械注册证。

注册证通常包括产品名称、型号、注册编号、有效期、注册机构名称等信息。

在获得注册证后，企业需要遵守相关的监管规定，包括生产质量管理、产品上市后监测、不良事件报告等。

注册证通常具有有限的有效期，企业需要在有效期结束前及时申请续期或更新。

如果产品的某些关键信息（如生产地址、产品规格等）发生变更，需要向相关监管机构提交变更申请并获得批准。

提交的所有文件和信息应真实、准确、完整，避免虚假信息导致注册失败或法律纠纷。

在办理过程中，与注册机构保持及时沟通，了解办理进度和可能存在的问题。

关注法规的变化和更新，及时调整产品的设计和生产流程，确保产品始终符合相关要求。