超声治疗仪申请印尼MOH（卫生部）注册时，需要准备的证明文件和质量管理程序文件主要包括以下几类：

公司注册证书和营业执照：证明企业合法存在的文件，以及显示企业有权从事医疗器械相关业务的文件。

生产许可证（如适用）：证明制造商具备合法生产能力的证书。

制造商资质证书：制造商的营业执照或注册证明，证明其合法经营资格。

ISO13485认证证书：质量管理体系认证证书，证明制造商符合ISO 13485标准。

产品注册证明（如有）：提供产品在其他国家或地区的注册证明，证明产品已经获得其他地区的批准或注册。

产品标准符合性证明：如CE认证证书或其他符合性证明，证明产品符合相关的技术标准和法规要求。

代理授权书（如适用）：如果制造商不在印尼境内注册，需要建议一个本地授权代表，并提交授权委托书。

法律文件与合规声明：证明企业在所有运营过程中遵守了印尼的法律法规，特别是涉及医疗器械的相关法律。

质量管理手册：详细描述公司的质量管理体系，包括质量政策、目标、责任、程序和流程。该手册应涵盖从产品设计、生产、检验到售后服务的全过程，每一个环节都符合相关标准和法规的要求。

程序文件：包括质量控制、内部审核、文件控制等程序文件。例如，针对产品设计和开发过程的控制手册，应包括设计输入、设计输出、验证、确认、设计变更管理等内容。

生产过程中的控制措施：描述生产过程中的控制措施，包括材料购买、制造过程控制、产品检验和测试等。该程序应明确原材料和零部件的购买标准、生产工艺流程、质量控制点和检验标准等。

校准和维护程序：针对超声治疗仪设备的准确性和可靠性制定的校准和维护程序，包括校准周期、校准方法、预防性维护计划等。该程序应设备在使用过程中始终保持较佳性能状态。

不符合品处理程序：处理不符合规格要求的产品的程序，包括负 面品的识别、隔离、处理和报告。该程序应明确负 面品的分类、处理方式、处理流程和报告要求等。

内部审核程序：规定了定期内部审核的程序，以验证质量管理体系的有效性和符合性。该程序应明确审核周期、审核内容、审核方法和审核要求等。

文件控制程序：管理和控制质量管理体系文件的创建、修改、批准、发布和归档的程序。该程序应所有文件都经过适当的审批和归档，以便在需要时能够迅速找到并使用。

员工培训程序：针对员工制定的培训程序，以员工具备适当的技能和知识来执行其质量管理职责。该程序应明确培训目标、培训内容、培训方式和培训要求等。

请注意，以上文件仅为一些可能需要提交的文件示例，具体要求可能会根据印尼MOH的法规和标准的较新要求而有所不同。在申请注册之前，建议与印尼MOH或其下属的医疗器械管理部门保持密切联系，获取较新的申请要求和流程信息。同时，考虑聘请具有经验的咨询公司协助申请，以提高申请的效率和成功率。