立式蒸汽灭菌器的生产许可证办理流程如下：

准备申请资料：根据相关法规和标准，准备申请所需的所有资料，包括企业资质证明、产品技术文件、生产设备清单、工艺流程图、质量管理体系文件等。确保资料的完整性和准确性。

提交申请：将准备好的申请资料提交给相应的医疗器械监管机构，如国家药品监督管理局或类似的机构。同时，需要支付相应的申请费用。

审查与批准：监管机构将对申请资料进行审查，并对生产现场进行实地考核，以确保企业的生产条件和质量管理体系符合要求。

制证与发证：如果通过审查和考核，监管机构将颁发生产许可证，允许企业生产立式蒸汽灭菌器。