循环肿瘤细胞分析仪器注册证办理需要遵循以下步骤：

确定产品分类：根据产品特性和用途，确定循环肿瘤细胞分析仪器所属的医疗器械分类。通常属于第三类医疗器械。

准备注册资料：根据要求准备注册资料，包括产品说明书、技术要求、生产制造信息、临床评价报告等。

提交注册申请：将注册资料提交给国家药品监督管理部门或省级药品监督管理部门。

审核与批准：药品监督管理部门将对申请进行审核，包括对注册资料的完整性、真实性进行审核，以及进行现场核查等。如果审核通过，将颁发医疗器械注册证。

获得生产许可：在获得医疗器械注册证后，还需要申请生产许可，确保生产条件符合要求。通常需要提交生产许可申请表、营业执照、产品技术要求等资料。

质量管理体系认证：一些国家或地区可能还要求进行质量管理体系认证，以确保生产过程和产品质量符合相关标准。