亲水性纤维敷料作为第三类医疗器械，其注册证办理需要遵循以下步骤：

1. 了解相关法规和标准：深入了解中国国家药品监督管理局（NMPA）对第三类医疗器械的注册要求和相关法规，确保产品符合规定。

2. 准备申请资料：根据NMPA的要求，准备详细的申请资料，包括产品技术文档、质量管理体系文件、生产工艺流程图、性能测试报告等。确保资料完整、准确。

3. 网上/窗口递交材料：将准备好的申请资料提交给NMPA。可以选择在网上提交或亲自前往窗口递交。

4. 受理和审查：NMPA将对提交的申请资料进行受理和审查。这一阶段可能包括形式审查、技术审查和现场检查等环节。

5. 批准与发证：如果申请资料通过审查，NMPA将颁发第三类医疗器械注册证。注册证的有效期通常为5年。

6. 资料存档与后续监管：确保将注册证和其他相关资料妥善存档，并接受NMPA的后续监管。这包括定期的质量管理体系审核和产品抽检等。