一次性使用弹性线套扎吻合器的注册证办理流程如下：

1. 准备注册资料：首先，需要准备完整的注册资料，包括产品技术要求、安全风险分析报告、产品性能自测报告、医疗器械检测机构出具的产品注册检测报告等。这些资料需要在申请前进行预评价，确保符合相关法规和标准的要求。

2. 提交注册申请：将准备好的注册资料提交给国家药品监督管理部门，并按照规定缴纳相关费用。

3. 审查与批准：国家药品监督管理部门将对申请资料进行审查，包括形式审查和实质审查。如果申请资料符合要求，将颁发医疗器械注册证。医疗器械注册证的有效期一般为5年。

4. 后续监管：在医疗器械注册证有效期内，国家药品监督管理部门将对产品进行监督检查，确保产品持续符合注册要求。