全自动化学发光免疫分析仪的生产许可证办理流程如下：

1. 了解相关法规和标准：首先需要了解国家或地区对于医疗器械生产和质量控制的法规和标准，例如《医疗器械监督管理条例》、《医疗器械生产质量管理规范》等。

2. 建立质量管理体系：根据法规要求，建立质量管理体系，包括质量手册、程序文件、作业指导书等，确保生产过程的可控性和产品质量的一致性。

3. 进行生产和质量控制人员培训：生产和质量控制人员需要经过培训，掌握相关的法规、标准、生产工艺和检测方法等知识，以确保生产出的产品符合要求。

4. 准备申请资料：根据当地法规要求，准备申请生产许可证所需的资料，包括企业基本情况、生产设施和设备情况、质量管理体系文件、生产和质量控制人员资质等。

5. 提交申请资料：将申请资料提交给当地医疗器械监管部门进行审核。

6. 现场检查：监管部门会对企业进行现场检查，核实企业的生产条件、质量管理体系的建立和运行情况等是否符合法规要求。

7. 审核与决定：监管部门根据申请资料和现场检查结果进行审核，如果符合要求，将颁发全自动化学发光免疫分析仪的生产许可证。

8. 许可证管理：生产许可证的有效期通常为5年，期间需要定期进行监督检查和产品抽检，确保企业持续符合法规要求。