一次性荷包吻合器注册证办理流程如下：

1. 申请医疗器械注册证：向国家药品监督管理部门提交医疗器械注册申请，并提交必要的技术文档和资料。这些资料应包括产品的技术要求、质量管理体系文件、生产制造信息等。

2. 技术审评与审核：国家药品监督管理部门将对提交的资料进行技术审评和审核，以确保一次性荷包吻合器符合相关法规和标准要求。

3. 样品检测与现场检查：在技术审评通过后，需要进行样品检测和现场检查。样品检测将由国家药品监督管理部门指定的检测机构进行，以确保产品符合性能和安全要求。现场检查将检查企业的生产环境和质量管理体系是否符合相关法规要求。

4. 审批与颁发注册证：如果一次性荷包吻合器通过了样品检测和现场检查，国家药品监督管理部门将颁发医疗器械注册证。注册证的有效期通常为5年。

5. 生产许可证申请：在获得医疗器械注册证后，如果企业计划生产一次性荷包吻合器，可以向国家药品监督管理部门申请生产许可证。生产许可证的申请流程与医疗器械注册证类似，需要进行技术审评、样品检测和现场检查。

6. 持续监管与再注册：在获得医疗器械注册证或生产许可证后，企业应继续遵守国家药品监督管理部门的监管要求，并定期进行自查和报告。此外，在注册证有效期届满前，应向国家药品监督管理部门申请再注册，以确保产品能够继续销售和使用。