小型分子筛制氧机生产许可证的办理流程如下：

1. 了解相关法规和标准：首先，需要了解国家关于医疗器械生产的相关法规和标准，以确保企业的生产和质量控制符合要求。

2. 建立质量管理体系：建立完善的质量管理体系，确保小型分子筛制氧机的生产过程符合相关法规和标准要求。质量管理体系应包括质量手册、程序文件、作业指导书等。

3. 申请生产许可证：向所在地省级或设区的市级食品药品监督管理部门提交生产许可证申请，并提交必要的技术文档和资料。这些资料应包括质量管理体系文件、生产工艺流程、设备清单等。

4. 现场核查与审核：相关部门将对企业的生产和质量控制情况进行现场核查和审核，以确保其符合相关法规和标准要求。核查和审核的内容可能包括生产环境、设备设施、人员资质、质量管理体系等。

5. 审批与颁发生产许可证：如果企业的生产和质量控制情况通过了现场核查和审核，相关部门将颁发医疗器械生产许可证。生产许可证的有效期通常为5年。

6. 持续监管与再注册：在获得生产许可证后，企业应继续遵守相关法规和标准要求，并接受国家药品监督管理部门的持续监管。此外，在生产许可证有效期届满前，应向相关部门申请再注册，以确保企业能够继续生产和销售小型分子筛制氧机。