自动核酸分子杂交仪的出口认证办理流程可能因目标市场的不同而有所差异。但通常来说，需要经过以下几个步骤：

1. 了解目标市场的认证要求：在开始认证办理之前，需要详细了解目标市场的认证要求，例如是否需要进行CE认证、FDA认证或其他国家特定的认证。了解这些要求可以帮助你确定所需的认证类型和流程。

2. 准备申请材料：根据目标市场的认证要求，准备申请材料。这可能包括产品技术规格、使用说明、质量管理体系文件、测试报告等。确保申请材料的完整性和准确性，以满足认证机构的要求。

3. 选择认证机构：选择一个合适的认证机构，例如欧洲的CE认证机构或美国的FDA认证机构。确保该机构具有相应的认证资质和经验，以便能够顺利完成认证过程。

4. 提交申请并等待审核：将准备好的申请材料提交给所选的认证机构。认证机构将对申请材料进行审核，并可能进行现场检查或要求提供额外的测试数据。

5. 获得证书：如果申请材料和现场检查均符合要求，认证机构将颁发相应的证书，允许自动核酸分子杂交仪在目标市场销售。证书的有效期可能有所不同，需要关注证书上的有效期和续期要求。