自动核酸分子杂交仪的生产许可证办理流程如下：

1. 准备申请资料：根据相关规定，准备完整的申请资料，包括企业基本情况介绍、产品技术文档、质量管理体系文件、生产设施和设备清单等。确保申请资料符合相关规定。

2. 提交申请：将完整的申请资料提交给相关机构。确保申请材料的完整性和准确性，按照规定的方式和格式进行递交。

3. 现场审查：相关机构将对企业的生产设施、设备、质量管理体系等进行现场审查，以确保企业具备符合规定要求的生产条件和能力。这一过程可能需要一定的时间，具体取决于不同国家和地区的规定。

4. 颁发生产许可证：如果现场审查通过，相关机构将颁发生产许可证，允许企业在该国家或地区生产自动核酸分子杂交仪。生产许可证的有效期可能有所不同，具体取决于不同国家和地区的规定。