康复训练软件的注册证办理流程如下：

1. 了解相关规定：首先需要了解所在国家或地区对于康复训练软件注册证的相关规定和要求。

2. 准备申请资料：根据相关规定，准备申请资料，包括软件的技术规格、功能描述、用户手册、测试报告等。

3. 提交申请：将申请资料提交给相关的注册机构进行审核。

4. 审核与评估：注册机构会对申请资料进行审核和评估，包括对软件的安全性、有效性、质量可控性等方面进行评估。

5. 获得注册证书：如果康复训练软件通过了注册机构的审核和评估，会获得相应的注册证书，允许软件上市销售和使用。