软式内镜清洗消毒器注册证的办理过程通常涉及以下步骤：

1. 准备技术资料：收集和整理关于软式内镜清洗消毒器的技术资料，包括但不限于产品说明书、技术规格、生产工艺、质量管理体系文件、产品检测报告等。确保这些资料完整、准确，并符合相关法规和标准的要求。

2. 提交申请：将准备好的技术资料提交给国家药品监督管理部门或指定的医疗器械注册受理机构。申请资料需要经过受理审查，以确认其是否符合要求。

3. 审查与评估：如果申请资料符合要求，注册受理机构将对软式内镜清洗消毒器的安全性、有效性、质量可控性等方面进行审查和评估。在这个过程中，可能需要配合监管部门的调查和检查，包括提供相关文件、样品和人员培训等。

4. 决定与批准：经过审查和评估后，注册受理机构将作出是否批准的决定。如果产品获得批准，将获得软式内镜清洗消毒器的注册证。